阳光明媚的一天，柯南（高山南 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎（小山力也 配音）来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次（堀川亮 配音）和远山和叶（宫村优子 配音）。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱...

在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。　　这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉 配音），作...

和久隆（阪口大助 配音）、小高胜（保志总一朗 配音）、矢村大一（杉田智和 配音）、半井摩子（井口裕香 配音）等十五名少年少女，正满心希冀的准备迎接即将到来的暑假。就在此时，一位名为可可贝利的神秘男子突然出现，邀请孩子们参加一个电脑游戏。在游戏中，他们将会驾驶着巨大的机器人，和邪恶的外星物种进行战斗。　　在半推半就之中，孩子们和可可贝利定下了契约，而契约一旦签订，无论发生了什么，孩子们都不可能放弃这...

　　神凪和麻（小野大辅 配音）出生于使用炎术的名门之家，然而却因为缺乏才能而被父亲神凪严马（小山力也 配音）赶出了家门。在一次偶然中，和麻意外遇见了强大的风之精灵王，并与其签订了契约，拥有了风之圣痕，并成为了最强的风术师。　　一晃眼，和麻离开日本已经四年了，当他回到这片称之为故乡的土地之时，他想要拥有的，不过只是平静的生活。某日，和麻遇见了名为神凪绫乃（藤村步 配音）的少女，她是神凪一族宗家的长女...

　　千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉...

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮...